Em meio a guerra, surge por entre as ruínas um homem com uma bandeira branca. Era Antônio Beatinho, que queria falar com o general comandante e disse que lá dentro ninguém agüentava mais, a fome e a sede estavam acabando com todos. Pede pra que pudessem sair em paz. Artur Oscar lhe disse que voltasse lá e trouxesse os homens para se entregarem que ele lhes garantia a vida. Beatinho volta ao Arraial e pouco depois reaparece com um grupo de 300 pessoas: eram mulheres, crianças, e inválidos de guerra, maltrapilhos e doentes. Afirma que todos os homens restantes haviam rechaçado sua proposta de rendição e iriam lutar ate o fim.

Antônio Beatinho é degolado junto com seus companheiros que se entregaram confiando na palavra do General Artur Oscar em lhes garantir a vida. A degola dos prisioneiros era a consumação final do massacre. Mas esta prática não era nova na campanha. Desde Agosto que os jornalistas relatavam casos praticados de forma discreta na calada da noite. Agora, nos últimos dias da guerra, a "gravata vermelha" como também era chamada a degola, foi larga e amplamente utilizada sem cerimônias, em plena luz do dia.

O acadêmico de medicina Alvim Horcades escreveu:

Eu vi e assisti a sacrificar-se todos aqueles miseráveis (...) e com sinceridade o digo: em Canudos foram degolados quase todos os prisioneiros (...) levar-se homens de braços atados para trás como criminosos de lesa-majestade, indefesos e perto mesmo de seus companheiros, para maior escárnio, levantar-se pelo nariz a cabeça, como se fora o de uma ave, e cortar com o assassino ferro o pescoço, deixando a cabeça cair sobre o solo - é o cumulo do banditismo praticado a sangue-frio (...) Assassinar-se uma mulher pelo simples fato de ser o seu companheiro conivente com o que se dava - é o auge da miséria! Arrancar-se a vida a uma criancinha (...) é o maior dos barbarismos e dos crimes que o homem pode praticar. (HORCADES, 1899)

 

Termina a resistência sertaneja, Canudos estava destruída. Num cenário de fim de mundo, por entre becos e ruelas, uma legião de corpos carbonizados se misturam com as ruínas e as cinzas das 5.200 casas. A elite política, acadêmica e militar do pais estava em êxtase. Os deputados federais da Bahia congratulam-se com o governo pela "completa destruição de Canudos, baluarte de bandidos e fanáticos" e o próprio Presidente da República, Prudente de Moraes, declara: "em Canudos não ficará pedra sobre pedra". Enfim os generais cumpriram o prometido, pois queriam que ali se plantasse a solidão e a morte.

Estima-se que mais de 25 mil conselheiristas morreram no conflito que mobilizou um contingente superior a 12 mil soldados do Exército (mais da metade de todo o efetivo nacional), na maior guerra de guerrilhas que o Brasil já viveu.

Numa preciosidade do pensamento dominante, O Barão de Studart escreve: "Para esse fim houve recurso aos meio mais desumanos, que não convêm registrar a bem dos nossos foros de nação civilizada e cristã".

O General Comandante Artur Oscar publica a Ordem do Dia nº 145: 

Viva a República dos Estados Unidos do Brasil! Está terminada a Campanha de Canudos. Desde ontem que os batalhões das forças expedicionárias passeiam suas bandeiras sobre as ruínas da cidadela, com a consciência de bem haverem cumprido o seu dever!

O corpo de Antônio Conselheiro é localizado no santuário da Igreja Nova.

Aos seis dias do mês de outubro de 1897, os abaixo assinados examinaram, por ordem superior, os escombros da casa denominada Santuário, residência de Antônio Vicente Mendes Maciel, o Conselheiro, onde se presumia existirem seus despojos mortais, dando como resultado o exame, que se limitou à situação e hábito externo, o seguinte: Na encosta da parede interna, numa das três seções em que se divide a referida parede, encontrou-se uma sepultura guardando um cadáver com os seguintes caracteres: braços cruzados no peito, deitado sobre uma esteira de carnaúba e envolto num lençol branco. Vestia longa túnica de pano azul costurado na fímbria; a cintura abotoada daí até a gola, tendo por baixo dessa túnica uma camisa e ceroula de algodão nacional. Calçava alpercatas de sola. O cadáver media um metro e sessenta de comprido, era de cor morena e idade presumível de sessenta ou cinqüenta e cinco anos. Estava em começo de putrefação e apresentava cabelos negros, longos e bastos, fronte estreita, rosto largo e magro de maçãs salientes, guarnecido de barbas longas, nariz destruído na porção musculosa, a maxila inferior, como a superior, desprovida de dentes; mãos descarnadas e pés pequenos. Concluído o exame, que não pôde ser levado adiante por deficiência de meios, reconhecemos pelos sinais descritos e pelo testemunho de muitos prisioneiros e várias pessoas presentes, entre as quais o membro presente da comissão acadêmica, João Pondé, ser o corpo de Antônio Vicente Mendes Maciel, conhecido por Antônio Conselheiro, que aí residia como chefe de um núcleo de fanáticos e aventureiros da povoação de Canudos; no sertão da Bahia. Dr. José Curió (Major-Médico), Dr. Mourão, Dr. Gouveira Freire (Capitães-Médicos), Dr. Jacob Gayoso (Tenente-Médico), João Ponde' (6° anista de Medicina) (Apud Gustavo Barroso, O Cruzeiro, 28.04.1956).

Depois de exumado, o corpo de Antônio Conselheiro foi fotografado por Flávio de Barros, fotógrafo baiano que acompanhou a IV Expedição, e sua cabeça foi cortada e levada para Salvador (BA) para exame do Dr. Nina Rodrigues.

É lançado em Salvador um manifesto de 41 estudantes baianos protestando contra o "cruel massacre ... exercido sobre prisioneiros indefesos e manietados em Canudos e até em Queimadas". Pouco depois, também Rui Barbosa declara um elogio aos estudantes que "protestam contra a vitória que degola os vencidos".

É assassinado no Rio de Janeiro (RJ), o Marechal Carlos Machado Bittencourt, Ministro da Guerra, que em setembro se deslocara para o sertão baiano, assumindo pessoalmente o comando das operações militares da Guerra. O atentado, que era destinado ao Presidente da República, Prudente de Moraes, ocorreu no momento em que a cidade em festa recebia os primeiros soldados combatentes de Canudos.

É lançado no Rio de Janeiro o livro "Os Sertões", um clássico sobre a epopéia de Canudos, escrito por Euclides da Cunha, que em 1897 havia sido contratado pelo jornal O Estado de São Paulo para in loco produzir uma série de artigos sobre a guerra de Canudos e "além disso, tomara notas e fará estudos para escrever um trabalho de fôlego sobre Canudos e Antônio Conselheiro. Este trabalho será por nos publicado", conforme rezava o contrato entre ele e o "Estado". Alguns anos depois, pela Editora Laemmert, o livro foi lançado no mercado editorial brasileiro, transformando-se numa das principais obras da literatura mundial, já tendo sido traduzido para mais de 10 idiomas, com um número superior a 50 edições brasileiras e sendo objeto de mais de 10 mil trabalhos escritos.

Um incêndio na antiga Faculdade de Medicina do Terreiro de Jesus, em Salvador (BA), destrói a cabeça de Antônio Conselheiro que se encontrava em exposição pública desde o final da guerra de Canudos, em outubro de 1897.

Início da chuva que em poucos dias transbordou o Rio Vaza-Barris e encheu o Açude de Cocorobó, cobrindo a velha Canudos.